黨群機構：

黨政辦公室（巡察工作辦公室）　　　紀委（監察專員辦公室）　　　組織部（統戰部、黨校）

宣傳部　　　工會委員會　　　離退休管理處（關心下一代工作委員會）　　　共青團委員會

管理機構：

人事處        教務處        科研處        學生工作部（學生處、武裝部）

招生就業處        國際合作與交流處（港澳臺事務辦公室）

財務處        審計處        國有資產與產業管理處        安全穩定工作處

后勤管理處（后勤服務中心）

教學系部：

園藝系        畜牧獸醫系        食品與生物工程系        水利與建筑工程系

現代服務管理系         信息技術系          經濟管理系         財會金融系

基礎部（思政教研部、體育部）

教學輔助、科研、服務保障單位：

實驗實訓中心（學農基地）　　　圖書館　　　信息中心　　　教育研究督導室　　　農業職業教育研究所

教育培訓機構：

繼續教育學院（北京市農業廣播電視學校）        黨校工作部

北京市農村實用技術服務中心（北京農職資產管理有限公司）

分校區：

北苑校區（國際教育學院）        清河校區（機電工程學院）

派出辦事協調機構：

北校區管理工作委員會